Si vous conduisez des activités qui ne sont pas exonérées de TVA, vous devez décocher l'interrupteur "Mon organisme est exonéré de TVA" dans le menu Administration / Mon organisme de formation / Données spécifique. Cet interrupteur entraîne l'exonération sur l'intégralité des actions réalisées dans Argalis et ne correspond donc que pour les organismes dont 100% de l'activité est exonérée. Une fois cet interrupteur décoché vous pourrez accédez aux éléments de gestion fine de la TVA.

Rendez-vous ensuite dans Administration / Réglages par défaut / TVA pour ajouter les différents taux de TVA dont vous aurez besoin (20% mais éventuellement les taux de TVA réduite si cela correspond à votre activité). 
Sur la fiche de vos produits vous aurez désormais accès dans l'onglet Comptabilité de chaque modalité au taux de TVA à appliquer. Vous pourrez donc renseigner un taux de TVA à 20% pour vos prestations d'audit et "TVA non applicable" pour vos formations. C'est le taux du produit qui s'appliquera par défaut sur vos factures (et vous pourrez éventuellement le modifier au cas par cas).

Dans Administration / Modèle / Modèles de document, vous pouvez créer plusieurs modèle de facture. Je vous invite à conserver le modèle classique et de créer un second modèle de facture exonéré de TVA où vous ajouter les mentions légales spécifiques " Exonération de TVA - Art. 261.4.4° a du Code général des impôts"

Lorsque vous éditez une facture, vous aurez la possibilité lorsque vous générer la facture de choisir entre votre modèle exonéré ou votre modèle de facture classique